Ο Εθνικός αποτελεί ένα από τα πιο ιστορικά σωματεία στο Ελληνικό ποδόσφαιρο, έχοντας αναδείξει πλήθος παικτών και προσωπικοτήτων στον αθλητισμό και όχι μόνο στο ποδόσφαιρο.
Έχοντας ήδη συμπληρώσει 90 + χρόνια από την ίδρυση του (21 Νοεμβρίου 1923), o Εθνικός Όμιλος Φιλάθλων Πειραιώς Φαλήρου (Ο.Φ.Π.Φ.), βρίσκεται σε ένα απόλυτα κομβικό σημείο της ιστορίας του.
Μίας ομάδας η οποία έχει γράψει την δική της ξεχωριστή και παράλληλα λαμπρή ιστορία στο χώρο του Ελληνικού αθλητισμού. Το τμήμα ποδοσφαίρου του Εθνικού ιδρύθηκε το 1923 και είναι από τα πρώτα του συλλόγου. Είναι από τις ιστορικότερες ποδοσφαιρικές ομάδες της Ελλάδας, έχοντας συνολικά 36 παρουσίες στην Α΄ Εθνική (οι 31 συνεχόμενες από την περίοδο 1959-60 έως την περίοδο 1989-90) και έχοντας κατακτήσει ένα κύπελλο Ελλάδος.
Ο Εθνικός υπήρξε ένα από τα ιδρυτικά σωματεία της Ε.Π.Σ. Πειραιώς, στα πρωταθλήματα της οποίας ήταν βασικός πρωταγωνιστής.
Στο διάστημα που συμμετείχε κατέκτησε τρία πρωταθλήματα Πειραιά, το 1928, 1929 και 1939
ενώ καταλάμβανε σχεδόν μόνιμα τη δεύτερη θέση τις υπόλοιπες περιόδους, με ελάχιστες εξαιρέσεις.
Στο πρωτάθλημα Πειραιά του 1929, ο Εθνικός ανακηρύχθηκε συμπρωταθλητής με τον Ολυμπιακό.
Επίσης στο πρωτάθλημα του 1935 που πρωταγωνιστούσαν ο Εθνικός και ο Ολυμπιακός δεν ολοκληρώθηκε επειδή η ΕΠΣΠ θεώρησε ότι δεν υπάρχει νόημα να συνεχιστεί,θεωρώντας ότι και οι δυο ομάδες θα φτάσουν στην τελική φάση του Πρωταθλήματος Νότου, ανακηρύσσοντας τους ανεπίσημα αυτήν την φορά, πάλι συμπρωταθλητές.
Ο Εθνικός υπήρξε ένας από τους κύριους πρωταγωνιστές των πρώτων πανελλήνιων πρωταθλημάτων της ΕΠΟ.
Στο πρώτο πρωτάθλημα που διοργανώθηκε την περίοδο 1927-28 συμμετείχε ως πρωταθλητής Πειραιά, χάνοντας τελικά το πρωτάθλημα από τον Άρη.
Την επόμενη χρονιά (1928-29) κέρδισε πάλι τη συμμετοχή του στο πανελλήνιο πρωτάθλημα όμως η διοργάνωση δεν διεξήχθη.
Την περίοδο1934-35 αναδείχθηκε πρωταθλητής του νότιου ομίλου, κερδίζοντας τη συμμετοχή του στον τελικό του πρωταθλήματος με αντίπαλο τον Άρη.
Ο τελικός όμως δεν διεξήχθη με αιτιολογία την καλύτερη προετοιμασία της Εθνικής ομάδας για το 4ο Βαλκανικό Κύπελλο, στερώντας έτσι από τον Εθνικό την ευκαιρία να διεκδικήσει ένα πρωτάθλημα.
Ο Εθνικός εμφανίστηκε πάλι να πρωταγωνιστεί στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα στα μέσα της δεκαετίας του 1950.
Από τις αρχές της δεκαετίας είχε αναλάβει πρόεδρος του ο μεγαλοβιομήχανος Δημήτρης Καρέλλας, δημιουργώντας μία ισχυρή ομάδα που έφτασε στο πανελλήνιο πρωτάθλημα της περιόδου 1955-56 να τερματίσει στη δεύτερη θέση έναν βαθμό πίσω από τον πρωτοπόρο Ολυμπιακό. Την επόμενη χρονιά ο Εθνικός ήταν ένα από τα φαβορί για την κατάκτηση του πρωταθλήματος και προπορευόταν στη βαθμολογία τέσσερις αγωνιστικές πριν το τέλος.
Τον Απρίλιο του 1957, ο πρόεδρος της ομάδας προσκάλεσε στον Πειραιά διεθνείς ποδοσφαιριστές της μεγάλης Εθνικής Ουγγαρίας, που είχαν αποφασίσει να καταφύγουν στη δύση έπειτα από τη Σοβιετική εισβολή στη χώρα τους, για διεξαγωγή φιλικών αγώνων. Η πρόθεση του να εντάξει στην ομάδα του Εθνικού κορυφαίους Ούγγρους διεθνείς όπως ο Φέρεντς Πούσκας και ο Σάντορ Κότσις θορύβησε τις μεγάλες ομάδες του κέντρου που ζήτησαν από την ΕΠΟ την τιμωρία του Εθνικού. Ο Εθνικός κατηγορήθηκε τελικά ως «επαγγελματικό σωματείο» και αποκλείστηκε από τη συνέχεια του πρωταθλήματος με αιτιολογία την «διεξαγωγή φιλικών αγώνων με τους επαγγελματίες ποδοσφαιριστές της αυτοεξόριστης εθνικής Ουγγαρίας, με συνέπεια ούτε αυτήν την φορά να πάρει τον πολυπόθητο τίτλο.
Σημαντικότερη όμως στιγμή του Εθνικού υπήρξε η κατάκτηση του κυπέλλου, το 1933, παίζοντας στον τελικό με τον Άρη σε δύο αγώνες. Η ομάδα αγωνίστηκε στο γήπεδο του Άρη αποσπώντας την ισοπαλία 2-2 και κερδίζοντας τον μετά στον επαναληπτικό, στο γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης, 2-1. Η ενδεκάδα που κατέκτησε το τρόπαιο ήταν: Γιάννης Χέλμης, Βαγγέλης Χέλμης, Νίκος Τσιριτάκης, Δημήτρης Ζουρντός, Π.Τσιριτάκης, Δεληγιώργης, Κωνσταντουδάκης, Mπoυρλετίδης, Αλεξόπουλος, Λαπατός, Ζανιώτης. Σκόρερ για την ομάδα του Εθνικού στον επαναληπτικό ήταν ο Ι. Τσιριτάκης στο 54' και ο Αλεξόπουλος στο 55'.
Ο Εθνικός συμμετείχε ανελλιπώς στα πρωταθλήματα της πρώτης Εθνικής από την ίδρυσή της κατηγορίας έως την περίοδο 1989-90, όταν υποβιβάστηκε για πρώτη φορά στην Β΄ Εθνική.
Κορυφαία στιγμή της ομάδας στην Α΄ Εθνική ήταν την σεζόν 1974-75 που τερμάτισε στην τέταρτη θέση, διεκδικώντας την έξοδό της στο κύπελλο UEFA, αλλά ακόμα και τότε ο Εθνικός τιμωρήθηκε με -3 βαθμούς για ένα αγώνα στο Περιστέρι με τον Ατρόμητο, με συνέπεια να χάσει την έξοδο στην Ευρώπη.
Φυσικά δικαιώθηκε απο το ιδιο αθλητικό δικαστήριο αλλά ο χρόνος ήδη είχε αντιπαρέλθει....Δύο χρονιές τερμάτισε στην 5η θέση (1963, 1968) και άλλες δύο τερμάτισε στην 6η θέση (1961,1973).
Την περίοδο 1988-89 κινδύνευσε με υποβιβασμό, όμως παρέμεινε στην πρώτη κατηγορία λόγω της διεξαγωγής αγώνων μπαράζ με σκοπό την αύξηση των ομάδων της Α' Εθνικής από 16 σε 18.
Την επόμενη χρονιά όμως τερμάτισε στην τελευταία θέση της βαθμολογίας και δεν απέφυγε τον υποβιβασμό στη Β' Εθνική για πρώτη φορά στην ιστορία του. Ο Εθνικός κατά τη διάρκεια της τριακονταετίας που αγωνιζόταν ανελλιπώς στην Α΄Εθνική ανέδειξε σημαντικούς ποδοσφαιριστές, ενώ ανέδειξε και δύο πρώτους σκόρερ του πρωταθλήματος, τον Ρομπέρτο Καλκαντέρα (1975) και τον Θανάση Ιντζόγλου (1977).
Αγωνίστηκε επίσης και τέσσερις φορές στην ημιτελική φάση του κυπέλλου. Τελευταία του παρουσία σε ημιτελική φάση ήταν την περίοδο 1988-89.
Από την δεκαετία του 1990 ο Εθνικός εισήχθη σε μία παρατεταμένη περίοδο κρίσης.
Αν και πέτυχε την επιστροφή του στην Α΄ Εθνική τρεις φορές δεν κατάφερε να παραμείνει για μεγάλο διάστημα.
Τελευταία φορά που αγωνίστηκε στην Α΄ Εθνική ήταν την περίοδο 1998-99, που τερμάτισε στην τελευταία θέση χωρίς να καταφέρει να πετύχει ούτε μία νίκη. Στην συνέχεια ακολούθησε ένας αγωνιστικός κατήφορος με τον υποβιβασμό στην Γ' Εθνική την περίοδο 1999-2000 και τον υποβιβασμό στη Δ' Εθνική την περίοδο 2002-03.
Το 2004 μέσω της συγχώνευσής του με τον Α.Ο. Μάνης πέτυχε την επιστροφή του στην Γ Εθνική.
Μία χρονιά μετά, την περίοδο 2005-06 κερδίζει την άνοδο στη Β Εθνική.
Την περίοδο 2009-10 φτάνει κοντά στην επιστροφή του στην πρώτη κατηγορία όμως δεν καταφέρνει να διεκδικήσει θέση ανόδου στους αγώνες μπαράζ.
Στο τέλος της επόμενης περιόδου τιμωρείται για πλαστογραφία και υποβιβάζεται στη Δ΄ Εθνική.
Αντιμετωπίζοντας σοβαρά διοικητικά προβλήματα δεν καταφέρνει να διατηρηθεί ούτε στην Δ' Εθνική και υποβιβάζεται για πρώτη φορά στην ιστορία του στο τοπικό πρωτάθλημα του Πειραιά,στο οποίο και παρέμεινε για δύο χρόνια.
Επανέρχεται στην Γ Έθνική νικώντας όλους τους αντιπάλους του σε αγώνες διαβάθμισης το 2013-2014.
Την περίοδο 2014-15, ο Εθνικός Πειραιώς μετείχε στον 4ο όμιλο της Γ΄ Εθνικής και προκρίθηκε έως στον τελικό του κυπέλλου Γ΄ Εθνικής Ελλάδας αντιμετωπίζοντας και εκεί προβλήματα ποδοσφαιρικής ισονομίας.

Η 14η Σεπτεμβρίου του 2014 θα μείνει για πάντα στις μνήμες ως η αποφράδα ημέρα που ο Εθνικός θα θρηνήσει τον Κώστα Κατσούλη. Τον μοναδικό οπαδό συλλόγου στην Ελλάδα που θα χάσει τη ζωή του σε γήπεδο από τα δολοφονικά χτυπήματα οπαδών του Ηροδότου και την εγκληματική έλλειψη μέτρων από πλευράς γηπεδούχων και αστυνομίας.

Στην Γ΄Εθνική κατηγορία μετέχει και ως σήμερα. Ταυτόχρονα στο διάστημα αυτό,ο Εθνικός ξαναπαίρνει την αρχική του ονομασία και επιστρέφει και επίσημα στις ρίζες του με το συνθετικό Όμιλος Φιλάθλων Πειραιώς Φαλήρου να κοσμεί - όπως παλιότερα- έτσι και σήμερα το όνομά του.

Την αγωνιστική περίοδο 2017-2018 ο Εθνικός τερματίζει στην πρώτη θέση του 6ου Ομίλου της ΓΈθνικής,αλλά δεν καταφέρνει μέσω των ειδικών αγώνων ανόδου να προβιβαστεί στην Football League,αφού την τελευταία αγωνιστική στο γήπεδο της Καλλιθέας ηττάται απο τον Αστέρα Αμαλιάδας.

Την ίδια περίοδο ο Εθνικός τιμωρήθηκε με -3 βαθμούς καθώς και 2 αγωνιστικές κεκλεισμένων των θυρών συν 2.000€ πρόστιμο για επεισόδια που ανακάλυψαν κάποιοι στο ημίχρονο του αγώνα της 1ης αγωνιστικής με τον Αήττητο στα Σπάτα και τα οποία φυσικά δεν έκαναν ποτέ οι οπαδοί του.Η ποινή δεν άλλαξε παρά την προσπάθεια της Διοίκησης στις δικαστικές αίθουσες  της ΕΠΟ...

Συνέχισε να πρωταγωνιστεί όπως άλλωστε το επιτάσσει και η ιστορία της ομάδας και την αγωνιστική περίοδο 2018-2019 ο Εθνικός, ο οποίος κάνει ένα πολύ καλό πρώτο γύρο που τον βρίσκει στην δεύτερη θέση του βαθμολογικού πίνακα του 5ου Ομίλου της ΓΈθνικής,ο καταστροφικός δεύτερος γύρος τον κατατάσσει στην 3η θέση του πίνακα με την πρώτη επιλαχούσα ομάδα να ανεβαίνει απ ευθείας και την δεύτερη να συμμετέχει σε αγώνες μπαράζ.